企业所得税
《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》(国家税务总局2012年第40号公告)规定，企业搬迁期间新购置的各类资产，应按有关规定，计算确定资产的计税成本及折旧或摊销年限。企业发生的购置资产支出，不得从搬迁收入中扣除。
《国家税务总局关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局2013年第11号公告)规定，凡在国家税务总局2012年第40号公告生效前即2012年10月1日前已经签订搬迁协议且尚未完成搬迁清算的企业政策性搬迁项目，企业在重建或恢复生产过程中购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置的各类资产，应剔除该搬迁补偿收入后，作为该资产的计税基础，并按规定计算折旧或费用摊销。凡在国家税务总局2012年第40号公告生效后签订搬迁协议的政策性搬迁项目，应按国家税务总局2012年第40号公告有关规定执行。
该企业的搬迁协议签订于国家税务总局2012年第40号公告生效之后，按国家税务总局2012年第40号公告的规定，发生的购置资产支出不得从搬迁收入中扣除，应确认搬迁所得4400万元(5000-600)，按规定缴纳企业所得税1100万元(4400×25%)。
土地增值税
土地增值税暂行条例第八条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税。
土地增值税暂行条例实施细则规定，该项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。
由于实际征管中对“城市实施规划”及“国家建设的需要”难以准确界定，《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)进一步作出解释，因“城市实施规划”而搬迁，指因旧城改造或因企业污染、扰民(指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害)，而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁的情况;因“国家建设的需要”而搬迁，指因实施国务院、省级人民政府、国务院有关部委批准的建设项目而进行搬迁的情况。
该企业因市政规划实施的整体搬迁如符合财税〔2006〕21号文件的相关规定，应免征土地增值税。需要注意的是，享受该免税待遇时，还应根据土地增值税暂行条例实施细则的相关规定履行必要的免税审批手续。企业需要持政府有关部门批准企业搬迁的文件，向主管税务机关办理审批手续，审批通过后才可以享受免税待遇。
营业税及其附加
《营业税税目注释(试行稿)》第八条规定，土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。因此，企业政策性搬迁补偿收入不需缴纳营业税及其附加。
