两税合一的意义如下所示：
1.两税合一实现了四个统一。两税合一后，将实现四个统一：内资、外资企业适用同一的企业所得税法;统一并降低企业所得税税率;统一和规范了税前扣除办法和标准;统一税收优惠政策，实行强调产业优惠并兼顾区域优惠的新税收优惠体系。四个统一有利于促进经济增长方式转变和产业结构升级，有利于提高我国利用外资的质量和水平，也有利于推动我国税制的现代化建设和完善。
2.两税合一使内资企业和外资企业公平竞争。企业所得税两税合并，对我们来说是期待已久振奋人心的好消息。不过由于历史原因，企业所得税在实际征缴过程中，有内紧外松的现象，可以说内资企业和外资企业是在不公平的起点上竞争。两税合一预示着内资企业将获得公平竞争的机会，标志着我国市场经济更趋于成熟。两税合一后，内资企业税率的降低，会增加企业利润，增强盈利能力，提高与外资企业的竞争力。
3.两税合一在一定程度上遏制了假外资和地方政府崇洋媚外的势头。假外资即经济学上所谓的返程投资，指国内企业携资本到国外注册一家公司，进而由这家公司返回国内投资，从而享受包括税收在内的各种外资优惠政策。假投资虽然是内资企业求发展的无奈选择，但却有着相当的危害。大量返程投资企业未被纳入境外投资管理体系，形成管理真空，影响了中国国际收支统计的质量。
